۶.۱- کاربردهای میکروبیولوژی در تولید غذا:
میکروارگانیسم‌ها در فرآیندهای تولید غذا نقش بسزایی دارند. برخی از کاربردهای میکروبیولوژی در این زمینه شامل تولید آنزیم‌ها و فرماندهی‌های میکروبی، تخمیر و تهیه محصولات لبنی، تهیه نان و محصولات پخت‌و‌پز، تولید پروبیوتیک‌ها و فرآوری مواد غذایی با استفاده از میکروب‌ها می‌شود.

۶.۲- کاربردهای میکروبیولوژی در صنعت داروسازی:
میکروارگانیسم‌ها در تولید داروها و مواد شیمیایی پزشکی نقش بسزایی دارند. فرآیندهایی مانند تولید آنتی‌بیوتیک‌ها، هورمون‌ها، واکسن‌ها و سایر محصولات دارویی از طریق ازت‌گیری و کشت میکروبی، تولید و جمع‌آوری مواد فرعی میکروبی و استفاده از انزیم‌های میکروبی صورت می‌گیرد.

۶.۳- کاربردهای میکروبیولوژی در صنعت سوخت‌های حیوانی:
میکروبیولوژی صنعتی در تولید سوخت‌های حیوانی نیز نقش مهمی دارد. از جمله کاربردهای میکروبیولوژی در این زمینه می‌توان به تولید بیوگاز با استفاده از فرآیند تخمیر زیستی، تولید بیوالکل‌ها از طریق تخمیر قندها و سایر مواد آلی توسط میکروارگانیسم‌ها، و تولید بیوسوخت‌ها مانند بیوتانول اشاره کرد.

۶.۴- کاربردهای میکروبیولوژی در بیوتکنولوژی:
بیوتکنولوژی یک حوزه تلاقی علوم زیستی و مهندسی است که که از میکروبیولوژی صنعتی برای تولید محصولات و فرآیندهای فناورانه استفاده می‌کند. در این حوزه، میکروارگانیسم‌ها به عنوان میزبان‌های سلولی برای تولید پروتئین‌ها، آنزیم‌ها، هورمون‌ها و داروها، تولید بیوپلاستیک، تولید انرژی قابل تجدید و سایر محصولات بیولوژیک استفاده می‌شوند.

۶.۵- کاربردهای میکروبیولوژی در محیط زیست:
میکروبیولوژی صنعتی نقش مهمی در مدیریت و بهبود محیط زیست دارد. استفاده از میکروب‌ها برای تصفیه فاضلاب، تخریب مواد آلی و زباله‌های آلی، تصفیه روغن‌های آلوده، تصفیه آب و خاک، و کنترل آلودگی محیطی از جمله کاربردهای مهم میکروبیولوژی در این زمینه هستند.